Seine Karriere begann Frank Hüppelshäuser 1993 bei der Deutschen Herold Lebensversicherung, wo er in der Produktentwicklung und Marktbeobachtung tätig war. Von 1996 bis 2000 war er unter anderem Versicherungsanalyst bei der Boston Consulting Group. 2001 wechselte er zur Aachen-Münchener und trat damit in den Generali-Konzern ein.

Bei Generali war Hüppelshäuser in verschiedenen führenden Positionen tätig, zuletzt als Vorstandsmitglied der Central Krankenversicherung und der Envivas Krankenversicherung in Köln. In beiden Gesellschaften war er für das Ressort Betrieb/IT zuständig. Dazu gehörten unter anderem Vertriebsservice, der Kundenservice Telefonie und Schriftgut sowie die Leistungsbearbeitung, aber auch die Betriebsorganisation sowie das Projekt- und Anforderungsmanagement.